Die Finanzkontrolle EU-Fonds ist ein innerhalb der Investitionsbank fachlich und funktionell unabhängiger Revisionsdienst.

Entsprechend der großen EU-Fonds unterteilt sie sich in die drei Sachgebiete:
EU-Prüfstelle EFRE, EU-Prüfstelle ESF und Bescheinigende Stelle EGFL/ELER.

Zur Umsetzung der EU-Strukturfonds EFRE und ESF werden die Verwaltungs- und Kontrollsysteme sowie die Richtigkeit der gegenüber der EU-Kommission deklarierten Ausgaben geprüft. Die Prüfungen erfolgen im Auftrag der EU-Prüfbehörde des Landes Sachsen-Anhalt für den EFRE und den ESF.

Die Bescheinigende Stelle für den EGFL und den ELER berichtet direkt nach Berlin und Brüssel sowie den im Land beteiligten Bereichen/Ministerien über die Prüfungen im Bereich EGFL und ELER, der beiden Finanzierungsinstrumente der Gemeinsamen Agrarpolitik.